Основан монастырь преподобным Макарием Желтоводским и Унженским в первой половине XV века на берегу Жёлтого озера (меняя порвоначальное русло, река Волга со временем поглотила озеро, и обитель оказалась на волжском берегу).

После нападения в 1439 году на обитель Пресвятой Троицы  войск хана Улу-Махмета, монастырь был сожжен,  а 90-летний старец Макарий взят в плен. Казанский хан освободил невинного страдальца, но запретил старцу и его людям оставаться на его территории. Получив свободу, преподобный Макарий отправился на Унжу.

Восстановлен Желтоводский монастырь был только 1620 как мужской.